曹甸村地处黄墩镇东南角，东临骆马湖，紧靠大运河，属黄墩湖的下游，地势十分低洼。很早以前，黄墩湖人烟稀少，同时又长期受黄水危害，人们为了生存就在这边远的河埝上落户生息，久而久之，就形成了一些村落，曹甸也因曹姓而得名。曹甸村原范围不大人口又少，1955年成立高级社，与双埝村合并才有现在的规模。原双埝村（又叫闸背村）位于曹甸村下游，大运河的一个湾道上，早在国民时期，此处建一船闸，人们就居住在闸两边的埝上，以闸作依托，所以叫闸背村。日本侵略中国后，认为此闸阻碍交通，就被扒掉了，此处仅剩下两埝。1953年成立初级社改名为双埝村，曹甸村由于土地肥沃平均亩产500多斤，在当时达到纲要要求，所以被命名为纲要村。1958年成立人民公社更名为曹甸大队。1978年，区划调整，恢复其原名—曹甸村。